由于生物陶粒本身的特点，适合微生物生长，因而对于污染物具有良好的处理效果。对于有机物，生物陶粒在冬天的去除率比夏天低10%-20%，但是在温度为10℃时，CODMn去除率依然能够达到18%，这是因为陶粒反应器中的微生物处于贫营养的环境中，在一定的低温范围内，可以抵消由于水温降低使微生物活性降低而带来的负面影响；对于氨氮，有相当好的去除效果，常温下可以达到80%上，即使低温条件下，也有较高的去除率。对于浊度，几乎不受水温的影响，维持在70%-0%间。